한겨레

정부가 대기업의 연구개발을 독려한다며 2조3341억원의 세금을 깎아주면서, 이 정책에 대한 효과분석 자료를 제대로 남기지 않은 것으로 나타났다. 정부는 연구개발 세액공제가 대기업의 신기술 개발을 촉진하는지 여부에 대해서도 정확히 알지 못하고 있다.

감사원은 지난해 1월 ‘기업의 연구개발(R&D) 투자에 대한 조세감면 실태’ 감사결과보고서를 냈다. 국회가 2012년 9월 ‘기업이 연구개발 투자를 하지 않고 허위로 조세감면을 받는 경우가 많고, 신기술 등 연구개발 효과가 미약한데도 혜택을 부여’받고 있다고 감사요구안을 의결한 데 따른 것이다.

이 보고서를 보면, 감사원은 기업에 준 조세감면 효과를 따려보려 했으나 확인할 수 없었다고 했다. 감사원은 “연구인력개발비 세액공제(2조3341억원) 조항에 대한 일몰 규정이 2008년 12월 말 삭제되고 해당 항목의 세액공제가 영구화되면서, 도입 당시뿐만 아니라 일몰 규정 삭제 이전에 수행된 효과분석 자료도 2012년 11월 감사종료일 현재 남아 있지 않아 부처의 평가 결과를 확인할 수 없는 상태”라고 했다. 조세감면 제도는 도입할 때와 2년 경과 때, 그리고 일몰 규정이 있는 조항에 대해선 효과분석을 하도록 법으로 정해놨다. 기업의 연구개발에 효과가 있다며 세액공제를 영구화시켜놓고는 막상 막대한 세금을 왜 깎아줬는지 확인할 방도가 없는 셈이다.

대신 각 부처가 제출한 조세감면평가서에 대해선 감사원은 “객관성 확보 여부가 불분명한 효과분석을 근거로 (해) 조세감면의 효과를 인정하기에는 한계가 있다”고 지적했다. 감사원은 또 학계 연구자의 연구 결과도 의견이 갈리고, 설문조사 자료 등 기초자료의 한계 때문에 신뢰하기 어려워 객관적 판단을 하기 어렵다고 밝혔다.

정부는 현재 기업의 연구개발에 직접보조금뿐만 아니라, 보조금을 합친 금액에 대한 세액공제 등 이중 혜택을 주고 있다. 연구개발 세액공제를 많이 받는 상위 30개 기업의 감면액은 1조1853억원(2011년 기준)으로 전체 감면액 가운데 49%를 차지한다. 대기업에 세액공제 혜택이 집중돼 있는 셈이다.

연구개발 세액공제를 받기도 쉽다. 국세청이 지난해 9월 국회 기획재정위원회에 제출한 자료를 보면 세액공제 혜택을 받기 위해 기업은 두 쪽짜리 ‘일반 연구 및 인력개발비 명세서’만 제출하면 된다. 이렇다 보니 감사원이 상위 30곳을 대상으로 소명자료를 제출받아 검토한 결과를 보면, 30곳 가운데 3곳에서 조세감면 신청이 적정하지 않다는 것을 확인할 수 있다. 한 곳은 연구소에 근무하지도 않은 직원 279명의 인건비 100억여원과 연구소에서 사용하지 않은 재료비 182억원을 세액공제 대상에 포함시키기도 했다.

이완 류이근 기자 wani@hani.co.kr